基因組所介紹

中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所（簡(jiǎn)稱(chēng)“基因組所”）成立于2014年，由農(nóng)業(yè)農(nóng)村部、中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院和深圳市政府共同支持建設(shè)。基因組所通過(guò)整合生物學(xué)和大數(shù)據(jù)科學(xué)，來(lái)認(rèn)識(shí)與利用農(nóng)業(yè)生物基因組，服務(wù)全球農(nóng)業(yè)生產(chǎn)。為此，基因組所成立了組學(xué)技術(shù)、合成生物學(xué)、植物基因組、動(dòng)物基因組、生態(tài)基因組、食品科學(xué)等研究中心和相關(guān)技術(shù)平臺(tái)。基因組所的長(zhǎng)期愿景是致力于通過(guò)顛覆性創(chuàng)新來(lái)促進(jìn)全球農(nóng)業(yè)可持續(xù)發(fā)展，服務(wù)于個(gè)性化食品供給體系，并提升人類(lèi)健康水平和農(nóng)民社會(huì)地位！成立以來(lái)，基因組所深入貫徹落實(shí)習(xí)近平總書(shū)記“四個(gè)面向、兩個(gè)一流”指示精神，開(kāi)展科研自主權(quán)改革試點(diǎn)工作，被列為中國(guó)農(nóng)科院現(xiàn)代院所改革的“試驗(yàn)田”，建立了由中國(guó)農(nóng)科院與深圳市主管領(lǐng)導(dǎo)任共同理事長(zhǎng)的理事會(huì)；組建了近800人的研究隊(duì)伍；形成了以組學(xué)技術(shù)為核心、輻射農(nóng)業(yè)、食品和生態(tài)方向的學(xué)科體系，獲批“嶺南現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科學(xué)與技術(shù)廣東省實(shí)驗(yàn)室深圳分中心”“農(nóng)業(yè)農(nóng)村部農(nóng)業(yè)基因數(shù)據(jù)分析重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室”等創(chuàng)新載體；在包括 Science、Nature、Cell 等頂級(jí)期刊在內(nèi)的雜志上發(fā)表SCI論文400多篇，以基因組設(shè)計(jì)育種育成國(guó)審、省審新品種30余個(gè)，農(nóng)業(yè)基因組學(xué)等研究領(lǐng)域占據(jù)世界前沿。2019年、2020年連續(xù)兩年自然指數(shù)排名全國(guó)農(nóng)業(yè)類(lèi)科研院所第一名，多項(xiàng)成果入選“‘十三五’農(nóng)業(yè)科技十大標(biāo)志性成果”“中國(guó)生命科學(xué)十大進(jìn)展”“中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)十大進(jìn)展”。先后獲得“何梁何利基金”獎(jiǎng)、“周光召基礎(chǔ)科學(xué)獎(jiǎng)”“深圳經(jīng)濟(jì)特區(qū)建立40周年創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)和先進(jìn)模范人物”“深圳市市長(zhǎng)獎(jiǎng)”等獎(jiǎng)勵(lì)。

目前，基因組所聯(lián)合深圳市相關(guān)部門(mén)提出了“深圳國(guó)際食品谷”，規(guī)劃已得到市政府印發(fā)，將構(gòu)建農(nóng)業(yè)食品產(chǎn)學(xué)研協(xié)作生態(tài)，做出科技推動(dòng)農(nóng)業(yè)食品產(chǎn)業(yè)轉(zhuǎn)型升級(jí)的先行示范。

課題組介紹

程時(shí)鋒團(tuán)隊(duì)主要從事植物比較進(jìn)化基因組學(xué)、作物群體數(shù)量遺傳學(xué)、關(guān)鍵性狀遺傳解析及主要麥類(lèi)、豆類(lèi)分子遺傳育種等研究工作，發(fā)起和主持全球“谷-豆”基因組國(guó)際聯(lián)盟協(xié)助組，并建立了以“小麥”和“豌豆”為標(biāo)桿的禾本科及豆科模式研究對(duì)象。在圍繞“植物是如何獲得新性狀及其遺傳演化分子機(jī)制解析”這一科學(xué)問(wèn)題中，從物種水平(Phylogenomics)、群體水平(Population Genetics)以及關(guān)鍵表型性狀（如C4高光合、結(jié)瘤固氮等）的泛組學(xué)等不同時(shí)空維度中展開(kāi)研究工作，建立起了植物基于性狀（trait-based）的進(jìn)化基因組學(xué)研究方法、作物群體基因-性狀（gene-trait）關(guān)聯(lián)和連鎖基因發(fā)現(xiàn)和解析體系，并致力于基因組大數(shù)據(jù)指導(dǎo)下的作物品種改良及農(nóng)業(yè)育種應(yīng)用。

一、招聘崗位

根據(jù)團(tuán)隊(duì)工作需要，擬招聘：

（一）博士后4名，其中：

1. 比較進(jìn)化基因組學(xué)、生物信息學(xué)大數(shù)據(jù)研發(fā)博士后1名

2. 作物群體數(shù)量遺傳學(xué)、生物信息學(xué)大數(shù)據(jù)研發(fā)博士后1名

3. 生物信息算法開(kāi)發(fā)博士后1名

4. 關(guān)鍵植物性狀(如C3/C4、共生結(jié)瘤)實(shí)驗(yàn)進(jìn)化方面博士后1名

（二）生物信息工程師2名

（三）作物遺傳育種專(zhuān)員2名

二、崗位職責(zé)

（一）生物信息工程師

1. 基因組功能元件、序列模型預(yù)測(cè)深度學(xué)習(xí)算法、流程開(kāi)發(fā)。

2. 植物大規(guī)模系統(tǒng)比較進(jìn)化基因組學(xué)大數(shù)據(jù)分析，方法構(gòu)建。

3. 作物群體基因組學(xué)與數(shù)量遺傳學(xué)大數(shù)據(jù)分析，及基因發(fā)現(xiàn)方法。

4. 開(kāi)發(fā)群體基因組大的結(jié)構(gòu)性變異(pan-sv)、泛基因(pan-genome)，以及基于變異矩陣的全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）方法。

5. 利用深度學(xué)習(xí)等算法整合基因大數(shù)據(jù)，開(kāi)發(fā)表征量化可視化方法，開(kāi)發(fā)數(shù)據(jù)庫(kù)，建設(shè)網(wǎng)站在線分析工具。

（二）作物遺傳育種專(zhuān)員

1. 作物田間實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、規(guī)劃和管理。

2. 作物表型鑒定、組織/核酸/材料提取等樣本文庫(kù)制備。

3. 負(fù)責(zé)育種基地管理和育種項(xiàng)目實(shí)施，包括作物的田間雜交、材料管護(hù)、品種選育等育種相關(guān)工作。

三、應(yīng)聘條件

（一）博士后

1. 具有博士學(xué)位，數(shù)學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)、數(shù)理統(tǒng)計(jì)、生物信息學(xué)、物理學(xué)、基因組學(xué)等相關(guān)專(zhuān)業(yè)。

2. 近3年在國(guó)際學(xué)術(shù)刊物以第一作者發(fā)表過(guò)或即將發(fā)表SCI論文。

3. 熟練使用Linux系統(tǒng)，至少熟練掌握Perl、Python、R、C/C++、JAVA等語(yǔ)言中的兩種。

4. 勤于思考，能獨(dú)立開(kāi)展課題研究，學(xué)術(shù)態(tài)度嚴(yán)謹(jǐn)，善于團(tuán)隊(duì)合作。

5. 良好的溝通能力和中英文科研寫(xiě)作能力。

（二）生物信息工程師

1. 本科及以上學(xué)歷，生物信息學(xué)或計(jì)算機(jī)專(zhuān)業(yè)。

2. 熟練使用Linux系統(tǒng)，至少熟練掌握Perl、Python、R、C/C++、JAVA等語(yǔ)言中的兩種。

3. 有相關(guān)工作經(jīng)驗(yàn)者優(yōu)先。

（三）作物遺傳育種專(zhuān)員

1. 本科及以上學(xué)歷，育種相關(guān)專(zhuān)業(yè)，具有作物（小麥優(yōu)先）育種相關(guān)的理論知識(shí)。

2. 有一年以上從事作物育種（如作物品種的選育）工作經(jīng)驗(yàn)優(yōu)先考慮。

3. 具有一定的計(jì)算機(jī)運(yùn)用能力，能獨(dú)立完成數(shù)據(jù)收集、錄入和分析。

4. 工作認(rèn)真，有責(zé)任感，執(zhí)行力強(qiáng)，工作效率高；具有良好的溝通能力和團(tuán)隊(duì)協(xié)作能力。

5. 英語(yǔ)寫(xiě)作和口語(yǔ)優(yōu)秀者，優(yōu)先考慮。

四、薪資待遇

（一）博士后

1. 按照深圳市、大鵬新區(qū)相關(guān)規(guī)定，博士后在站期間享受在站博士后生活補(bǔ)貼，具體金額以政府最新規(guī)定為準(zhǔn)。

2. 按照研究所的相關(guān)規(guī)定提供博士后的工資、五險(xiǎn)一金和績(jī)效待遇。

3. 符合條件的，可申請(qǐng)"博士后創(chuàng)新人才支持計(jì)劃"、"博士后國(guó)際交流計(jì)劃派出項(xiàng)目、引進(jìn)項(xiàng)目"、廣東省海外博士后人才支持項(xiàng)目、中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院博士后"優(yōu)農(nóng)計(jì)劃"，在站期間可申報(bào)"中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院優(yōu)秀博士后"評(píng)審，入選者給予獎(jiǎng)金獎(jiǎng)勵(lì)。

4. 博士后人員進(jìn)站后，可選擇落戶(hù)深圳市，其配偶及未成年子女可辦理隨遷入戶(hù)。

5. 符合條件的博士后可申請(qǐng)?jiān)u定專(zhuān)業(yè)技術(shù)資格。

6. 深圳市對(duì)出站博士后留深工作、簽訂3年勞動(dòng)合同的，給予30萬(wàn)元資助，用于科研投入或創(chuàng)業(yè)前期費(fèi)用。

7. 提供良好的工作環(huán)境和充足的研究經(jīng)費(fèi)，配備研究需要的設(shè)備和儀器，科研方向給予較高自由度。

（二）生物信息工程師/作物遺傳育種專(zhuān)員

1. 提供具有市場(chǎng)競(jìng)爭(zhēng)力的薪資待遇，相關(guān)社會(huì)保險(xiǎn)及公積金按照深圳市有關(guān)規(guī)定執(zhí)行。

2.  符合條件的可選擇落戶(hù)深圳市，并且享受深圳市人才生活和租房補(bǔ)貼，具體金額以政府最新規(guī)定為準(zhǔn)。

3. 提供良好的工作環(huán)境和充足的研究經(jīng)費(fèi)，配備精良的實(shí)驗(yàn)儀器，科研方向給予較高自由度。

4. 提供良好的科研環(huán)境和深造學(xué)習(xí)培訓(xùn)的機(jī)會(huì)，表現(xiàn)優(yōu)異可協(xié)助推薦到國(guó)內(nèi)外知名科研單位深造學(xué)習(xí)和開(kāi)展科研合作。

五、申請(qǐng)方式

申請(qǐng)者請(qǐng)將個(gè)人簡(jiǎn)歷（包含教育經(jīng)歷、研究經(jīng)歷、論文發(fā)表）、代表作和工作規(guī)劃以電子郵件形式發(fā)送至：chengshifeng@caas.cn【快捷投遞：點(diǎn)擊下方“立即投遞/投遞簡(jiǎn)歷”，即刻進(jìn)行職位報(bào)名】。郵件主題和材料壓縮文件請(qǐng)注明“姓名+申請(qǐng)職位名稱(chēng)+高校人才網(wǎng)”。

所有應(yīng)聘材料我們將會(huì)嚴(yán)格保密，課題組會(huì)在收到申請(qǐng)的一個(gè)月內(nèi)與初審合格者電話(huà)或E-mail聯(lián)系，安排面試。資格審查未通過(guò)者，不再另行告知。

課題組負(fù)責(zé)人程時(shí)鋒老師代表性論文

 *第一作者  ?通訊作者

 1. Cheng S*, Wong G, Melkonian M. Giant DNA viruses make big strides in eukaryote evolution. Cell Host & Microbe (2021). https://doi.org/10.1016/j.chom.2021.01.008

 2. Cheng S*, Xian W, Fu Y, et al. Genomes of Subaerial Zygnematophyceae Provide Insights into Land Plant Evolution. Cell, 2019, 179(5): 1057-1067. e14.

 3. Griesmann M, Chang Y, Liu X, et al. Cheng S?. Phylogenomics reveals multiple losses of nitrogen-fixing root nodule symbiosis. Science, 2018, 361(6398): eaat1743.

 4. Cheng S*, Melkonian M, Smith SA, et al. 10KP: A phylodiverse genome sequencing plan. Gigascience. 2018;7(3):1–9.

 5. Cheng S*, Gutmann B, Zhong X, et al. Redefining the structural motifs that determine RNA binding and RNA editing by pentatricopeptide repeat proteins in land plants. Plant J. 2016;85(4):532–547.

 6. Lin S, Cheng S*, Song B, et al. The Symbiodinium kawagutii genome illuminates dinoflagellate gene expression and coral symbiosis. Science. 2015;350(6261):691–694.

 7. Cheng S*, van den Bergh E, Zeng P, et al. The Tarenaya hassleriana genome provides insight into reproductive trait and genome evolution of crucifers. Plant Cell. 2013;25(8):2813–2830.

 8. Zhang, G., Liu, X., Quan, Z. Cheng S*. et al. Genome sequence of foxtail millet (Setaria italica) provides insights into grass evolution and biofuel potential. Nat Biotechnol 30, 549–554 (2012).

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